奥利维亚在布拉德雷的命令下，被召回了中央司令部。 为了寻找突破的机会，她刻意接近布拉德雷，并转调至军方高层。 透过霍克艾转告的暗号得知大总统之子塞利姆的真实身份。 另一方面，与格蕾西亚一起来到休斯墓前扫墓的温莉，在回程的路上得知爱德与阿尔正与斯卡战斗中。 温莉急忙赶到现场，没想到却凑巧听到斯卡正是杀害自己父母的犯人之事实。 在马斯坦的暗中命令下，阿尔被独自留在中央，爱德华则与阿姆斯特朗一起前往利塞布尔。
结果发现自己炼出的是不相关的男人，而不是自己的母亲是阿尔的灵魂。 随后他打电话跟师傅说，她炼出的应该也不是自己的孩子。 爱德华临走前，比拿可让他转告他母亲临终前的话给自己的父亲听。 此时，爱德、阿尔和温莉一起来到中央找休斯，而姚麟走散，在路上因偷渡的罪名关进监狱。 爱德华在军部见到的玛丽亚‧罗斯，得知休斯已死的震惊消息。 当斯卡与尤基准备出发前往中央时，来自东方新国的少女「梅」突然出现在他们的面前，使用炼丹术治疗了斯卡的伤。 她来亚美斯多利斯的目的是为了寻找长生不老的方法，并觉得只有传说中的天才炼金术师爱德华可以做到。
与此同时，来到布拉德雷家中的霍克艾也察觉到背后有种诡异的气息，没想到出现在那里的竟是大总统的儿子，人造人「傲慢」。 爱德华把「傲慢」的本体还给总统夫人，媒体也没有公布大总统是人造人势力，所有的黑锅都被扣到了中央军官的头上。 父亲大人发动国土炼成阵，五个人柱上出现真理之门，国家五千多万民众都被吸走了灵魂，吞噬了「神的力量」。 几个人柱醒来，发现父亲大人可以随手创造一个太阳。
确保他在约定之日之前不能自由行动，无法使用暗影的「傲慢」根本无法击碎土墙。 因此，抓起阿尔的头，敲打求救信号（阿尔全然不知，还以为在玩）。 没想到他们没花费多久时间，就与梅、马可、尤基等人重逢，爱德与阿尔也终于联手抓到了斯卡，没想到温莉却帮这个杀死父母的仇人疗伤。 黑暗的角落里，被炼金术反噬的柯奈洛去找「色欲」理论，但「色欲」认为教主已经没有利用价值了，便让「暴食」吃了他。 战争仅仅因为一颗贤者之石而改变了，金布利爆炸输出。
另一方面，与迈尔兹一起暗中来到东部的阿尔，在藏匿处突然又产生了灵魂似乎要被扯回原有肉体的感觉，由于这种感觉发生的间隔越来越短，这也让阿尔感到相当不安。 当他们正在思考如何才能瞒过金布利的监视将温莉与斯卡等人一起藏匿在布里克兹要塞之时，温莉主动提出让斯卡挟持自己，这样人造人就无法威胁爱德华了。 为了缉捕斯卡，爱德、阿尔、温莉与金布利、迈尔兹等人一起来到巴兹库尔这个城镇。 当大家分头开始找斯卡时，爱德与阿尔甩掉军方的监视，试图靠自己找出斯卡以及跟他一起行动的梅。 斯卡被偷袭，爱德华和姚麟抓住了「暴食」，斯卡被「梅」救走。 夜里，「暴食」听到是马斯坦杀了「色欲」便失控了。 爱德、阿尔与麟虽然设法想阻止失控的格拉托尼，但格拉托尼能把所有东西吞下的能力，让三人完全无计可施。
另一边，马斯坦回到中央，向雷文中将暗示大总统是人造人，结果发现军部高层已被人造人控制，身陷贼窝。 大总统把马斯坦小队的人调开，留下霍克爱在在中央当人质。 之前已经有11个人因此丧命，但他活了过下来，成为现在的大总统。 「傲慢」因为之前人体炼成的剧烈消耗，容器已经支撑不住了，准备夺取爱德华的身体。 但没想到他体内的金布利觉得他没有原则，嘴上说着人造人的骄傲和尊严，可一旦自身难保就想逃进被贬为下等生物的人类容器里。
购买利伏昔安 此时，格利德想要得到这股力量，向父亲大人发起偷袭，成功命中。 但父亲大人反手要吸取格利德的贤者之石，被爱德华中断。 巴卡尼亚等人率领的布里克兹军终于占领了中央司令部本部。 此时，奥利维亚与阿姆斯特朗正率领着幸存的中央军士兵与大量的人偶士兵战斗，没想到原本被封住行动的斯洛斯又动了起来，并让他们受到濒死的重伤。 即使如此，阿姆斯特朗仍不愿逃走，坚持要留下来替在场的士兵们战斗。 关键时刻，爱德华的师傅和师公来到，齐心协力把「懒惰」的贤者之石耗尽。 在军方高层的指使下，人偶士兵终于被大量放了出来，这群不畏死亡的不死之身，甚至把理应听令遵从的军方高层人士也加以啃食，接着又袭击了爱德等人。 而张梅也来到了中央地底，「嫉妒」逃了出来吸收了人造人士兵体内的贤者之石，恢复实力。
战争结束后，马斯坦和休斯面对血流成河的战场，马斯坦发誓要当上大总统，把这个军队控制的国家变成民主制。 数百年前，在一个名叫克赛尔克尔斯的沙漠国家里，有一名叫「23号」的无名氏奴隶被抽取血液进行试验。 因为它很感谢「23号」所提供的血液，所以为他取名为「冯•霍恩海姆」，并教授他文字与炼金术，使他摆脱奴隶身份。 《F1電影》就是在這樣高漲的情緒中誕生，它不是傳統的賽車電影，飆完就結束了，而是一部關於友情、團隊精神，以及自我救贖的故事。 於是在車手們跨過終點線，銀幕前的我們也跟著熱烈盈眶，我們跟著角色一同經歷失敗、重振旗鼓，以及在賽道上「飛翔」。 但別以為《F1電影》只是個單純的賽車競賽，在進入電影院之前，先來了解《F1電影》將為我們帶來怎樣的故事。
「贪婪」想要跟他交易，用「人造人的制作方法」交换「固定灵魂」的方法。 随后爱德华找上门，跟拥有「最强之盾」的贪婪打了起来，发现了他能力的秘密，及时赶到的伊兹米打跑了「贪婪」。 爱德华正和休斯等人探讨这几天发生的事情，恰好大总统也来到病房探病，告诉爱德华要小心，军队内也有敌人，继续调查恐怕有危险。 爱德华一行人前往探访马可，马可爆出惊人的事实——军方高层让他参与炼成贤者之石的秘密研究。 但马可认为这项研究夺走了大量生命，自己罪孽深重，所以，他才从军队偷走贤者之石和研究资料，躲到小乡村里当医生，通过治疗病人的方式赎罪。